لم تمضي إلا أشهر قليلة على اندماج فصيلين كبيرين من فصائل الغوطة الشرقية اندماجاُ تاماً حتى وصل الأمر لغرف المجلس القضائي في الغوطة الشرقية للفصل في الخلاف والنزاع الحاصل بين فيلق الرحمن من جهة وحركة أحرار الشام المندمجة بالفيلق من جهة أخرى، وقد نص قرار الاندماج على انخراط عناصر حركة أحرار الشام الإسلامية وقيادتها تحت راية فيلق الرحمن وقد تولى قيادات من الحركة رئاسة مكاتب هامة في الفيلق منها الامني والشرعي والمهمات والهندسة والتسليح والتموين والإمداد وعدد من الورشات التابعة للفيلق، وكان الخلاف حسب قادة من الحركة بوجود مخالفات شرعية كبيرة كلفظ المكفرات وعدم الالتزام بالصلاة المفروضة وبعد البحث من الهيئة القضائية المشكلة لم يثبت هذا الادعاء من قادة حركة أحرار الشام، كما كان الادعاء الآخر بانفراد النقيب أبو النصر القائد العام لفيلق الرحمن بالقرارات دون الرجوع لمجلس شورى يفصل في القرارات الصادرة عن القيادة بالإضافة لادعاءات أخرى كطلب تغيير اسم فيلق الرحمن بعد الاندماج ، وبعد التحقق من قائد حركة أحرار الشام الإسلامية أقر بأنه طلب عدم تغيير الاسم عند الاندماج بسبب ظروف مرحلية تمر بها الفصائل العسكرية والحركة على حد سواء، والتأخر بإقرار النظام الداخلي الجديد في الفيلق واعتبر التأخر نتيجة تغيب "لواء أبي موسى الأشعري" عن الاجتماعات وذلك بإقرار "أبي أويس" قائد الحركة وبذلك اعتبر المجلس القضائي ادعاءات قادة حركة أحرار الشام غير مثبتة.

ويأتي في شروط الاندماج أن يتم تسجيل كافة الأسلحة وملكيات حركة أحرار الشام باسم فيلق الرحمن وعند حصول الخلاف بين الطرفين لم يقبل قادة الحركة تسليم السلاح للفيلق، وهذا ما رفض "أبو موسى الكناكري" القيام به على الرغم من شغله منصب رئيس الأركان بالهيكلية الجديدة للفيلق وقد أقر أنه خالف أوامر أبي النصر وقام بإعداد تكتل جمع فيه العديد من العناصر للخروج بهم من فيلق الرحمن مبرراً بذلك بأن قيادة الحركة أخطأت باندماجها بفيلق الرحمن.

واعتبر المجلس القضائي بالقرار الصادر عنه لحل الخلاف الحاصل بأن خروج حركة أحرار الشام أمراً غير شرعي على اعتبارهم جزءاً لا يتجزأ من فيلق الرحمن، وأشار القرار القضائي أن من أراد الخروج من عناصر الحركة فإن عليه تسليم سلاحه وذلك وفقاً لبنود الاندماج المتفق عليها سابقاً ويمنع العناصر المنسحبون من تشكيل فصيل عسكري جديد في الغوطة الشرقية عملاً بقرار القيادة العسكرية الموحدة كما منح القرار القضائي عناصر الحركة أربعاً وعشرين ساعة لتطبيق القرار الصادر وتم تكليف جيش الإسلام ولواء فجر الأمة بمتابعة الطرفين المتنازعين لتنفيذ القرارات الصادرة كما حمل القرار القضائي "أبي النصر" وقيادة فيلق الرحمن ما آلت إليه الأمور ويلزم الجميع بوضع نظام داخلي والمصادقة عليه من مجلس شورى مشكل لفيلق الرحمن بمدة لا تتجاوز أسبوع ويحق للمجلس القضائي التدخل إن لم يتم ذلك الأمر مع متابعة قضية اقتحام مقرات تابعة للأحرار في عربين.

هذا وقد أحيل كلاً من "أبي موسى الكناكري وأبي عدي درعا" للمسائلة القضائية ويتم التحقيق بالتجاوزات الصادرة عنهما ، وقد منع المجلس القضائي نشر أي بيانات بين الطرفين درءاً للفتن المترتبة على ذلك.