شهدت حركة أحرار الشام الإسلامية أحد أكبر الفصائل العسكرية الثورية، حركة انشقاقات على مستوى قيادات وشرعيين ومجموعات، إبان الإعلان عن تشكيل "هيئة تحرير الشام" حيث انضوت هذه المجموعات والشخصيات في صفوف التشكيل الجديد، وأعلنت بشكل فرادي خروجها من تشكيلات حركة أحرار الشام، أبرزها أبو جابر الشيخ القائد العام لهيئة تحرير الشام حالياً والقائدين العسكريين البارزين أبو صالح طحان، وأبو يوسف المهاجر، وعدة كتائب ومجموعات أخرى.

وبعد قرابة ستة أشهر على تشكيل الهيئة وجملة الإشكالات التي جرت بين أحرار الشام والهيئة بما يخص الانشقاقات عن الحركة، والاتهامات باستمالة المجموعات للانشقاق، وما تبعه من خلافات على الأسلحة والذخائر والمقرات للكتائب والمجموعات المنشقة بين الطرفين، والذي وصل لمرحلة الصدام المسلح والاشتباك، بدأت تعود تدريجياً العديد من الكتائب والمجموعات المنشقة عن الحركة، من جديد وتجدد البيعة للحركة، تاركة الهيئة التي انضوت في صفوفها، تزامن ذلك مع عزوف عدد من الشخصيات المعروفة في الهيئة عن العمل ضمن مكوناتها.

وسجل ترك العديد من المجموعات والكتائب والشخصيات موقعهم في الهيئة والعودة إلى صفوف الحركة منهم" كتيبة المدفعية والهاون، محمد أبو الدرداء من كوادر جبهة النصرة القدامى، مجلس شورى عشائر الموالي الموحد، سرية أنصار الشريعة العاملة في سهل الغاب قطاع حماة، أبو البراء طعوم قائد لواء أجناد الشام مع لوائه، كتيبة حذيفة بن اليمان العاملة في منطقة دارة عزة، كتيبة محمد أسعد بدر في سراقب، كتيبة أحرار إسقاط - قطاع الحدود".

أيضاَ أعلنت كتائب أبو عمارة المنضوية في صفوف تحرير الشام عودتها لاسم سرية أبو عمارة للمهام الخاصة وعدم تبعيتها لأي فصيل، كذلك زيد العطار الذي أعلن أنه لم يعد مسؤول إدارة الشؤون السياسية وإعلانه تقديم استقالته من الهيئة، وحسام أطرش الذي جمد في الهيئة بعد تغريدات عدة على حسابه الرسمي على موقع تويتر، والعديد من الشخصيات التي عادت لصفوف حركة أحرار الشام بشكل فرادي، او شرعيين أعلنوا تعليق عملهم في الهيئة.

وأكد "عمر خطاب" الناطق العسكري باسم حركة أحرار الشام الإسلامية لـ شام أن أسباب متفرقة وراء عودة الكتائب والشخصيات للعمل ضمن حركة أحرار الشام بعد انضمامها للهيئة في وقت سابق أرجعها لعدة أمور هي " فمنهم من عاد بسبب غياب التجانس والانسجام، ومنهم من عاد بسبب اختلاف النظرة المستقبلية للثورة السورية، وطريقة التعاطي مع المستجدات على الأرض".

وعن طريقة تعامل الحركة مع العائدين إليها قال "خطاب" " نحن لا نحمل الحقد على أحد سواء داخل الحركة أم خارجها ومن عاد من أبناء الحركة للحركة فقد عاد إلى إخوانه الذين شاطروه الفرح والحزن لأكثر من ست سنوات ومن عاد فقد عاد إلى بيته فهو بحمد الله يتسع له ولمن يأتي من الضيوف".

وعن توقع عودة المزيد من المجموعات والكتائب للحركة ذكر "خطاب" أن الحركة ترحب بكل من يريد العودة، وأنها لم تكره أحد على الخروج من الحركة، ولم تعطي أي مغريات أو عروض كي يأتي أحد للحركة.

ونوه "خطاب" في حديثه لـ شام بالقول "ولا بد من التنويه على أننا لا نطعن بأحد أو نخون أحدا أو نكيد ونمكر لأحد ولطالما سعينا لجمع الكلمة بالطريقة التي تحفظ لأهلنا وشعبنا وجوده وكيانه، ونوه على أمر هام أننا ما دعونا وما طلبنا من أحد الانشقاق لا من الهيئة ولا من غيرها".